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Die Geschichte der Gemeinde Gurtnellen geht mit grösster Wahrscheinlichkeit auf die frühmittelalterliche Zeit zurück. Der Name Gurtnellen mag romanischen Ursprunges sein: Cort-in-ella oder Cortinella, was soviel bedeutet, wie "Hof". Es darf angenommen werden, dass Gurtnellen schon im 8./9. Jahrhundert besiedelt war. Urkundlich wurde die Ortschaft erstmals im 13. und 14. Jahrhundert erwähnt. Dokumente aus den Jahren 1798-1800 berichteten von der Einquartierung französischer Truppen in der Gemeinde.

Schon im 14. Jahrhundert zog sich der Weg über den Gotthard durch das Gurtneller Gemeindegebiet. Es war selbstverständlich, dass am immer lebhafteren Verkehr, der Arbeit und Verdienst brachte, jedes Dorf und jeder Weiler seinen Anteil zu finden suchte. So gewann auch bald der rechtsufrige Gotthardweg immer mehr an Bedeutung. Vorerst wurden die alten, einfachen Stege, die über die Reuss und die Bäche führten, durch massive Holzbrücken ersetzt. Weitere Verbesserungen des Gotthardweges erfolgten.
 

In den Jahren 1819-1826 entstand die "neue" Gotthardstrasse. Mit der Erstellung dieses neuen Verkehrsweges, nahm der Wagenverkehr über den Gotthard rasch zu.

1872-1882 wurde mit dem Bahnbau begonnen. Auch verschiedene Gewerbebetriebe liessen sich in Gurtnellen nieder. Für Gurtnellen –Wiler war dies von besonderer Bedeutung. Es entstanden markante Wohnhäuser, wie zum Beispiel die drei Häuser am Bahnhofplatz. In den Steinbrüchen war Hochbetrieb und viele Leute fanden dort Arbeit. Auch die Bevölkerung stieg ständig an und erreichte im Jahre 1920 die hohe Einwohnerzahl von 1648 Personen.

Die sprunghafte Entwicklung brachte damals auch Schwierigkeiten. So wurde ein Begehren aus dem 1898, worin eine Strassenverbindung von Gurtnellen-Wiler nach Gurtnellen-Dorf gefordert wurde, erst im Jahre 1926 in die Tat umgesetzt. Im gleichen Zeitraum wurde auch das Kraftwerk im Wiler gebaut. Seine Wasserfassung liegt in der Gornerenalp. Auch der Bau im Platti mit dem Arnistausee wurde in jenen Jahren vollendet. 1918-1921 wurde auch die Elektrifizierung der Gotthardbahn vorgenommen.

Gurtnellen wurde von diversen Lawinenniedergängen heimgesucht. Am 22.04.1917 fanden drei Personen, am 31.1.1942 neun Personen und am 27.1.1968 sieben Personen den Tod. Neben Wohnhäusern wurden auch immer wieder Ställe und Geisshütten zerstört. Dabei kam viel Gross- und Kleinvieh um. An der Gemeindeversammlung vom 29.04.1956 wurde dann das erste Projekt für eine Lawinenverbauung am Geissberg genehmigt. Die Lawinengefahr ging dank dieser Verbauung von Jahr zu Jahr zurück.

Die ersten Einwohner von Gurtnellen lebten vorwiegend von der Landwirtschaft. Auch die Gewinnung von Blei, Kupfer und Silber aus den nahegelegenen Bergwerken war für die Bevölkerung wichtig. In den Glanzzeiten der Steinbrüche arbeiteten in diesen Betrieben einige 100 Personen.

Es waren vor allem italienische Fremdarbeiter, von denen sich einige in Gurtnellen niedergelassen haben. Da Gurtnellen in der Zone des Aaregranites liegt, und somit inmitten der weltbekannten Mineralfundstellen, war das Strahlnen für die Bergbewohner eine willkommene Nebenbeschäftigung. Heute sind Landwirtschaft, Gewerbe und Industrie in einem ausgewogenem Nebeneinander angesiedelt. Eine gesunde Land- und Viehwirtschaft, welche auch unter modernen Bedingungen arbeiten kann, ist der Gemeinde erhalten geblieben. Die Forstwirtschaft war immer von grosser Bedeutung, da sie mit der Pflege des notwendigen Schutzwaldes betreut ist. Gurtnellens Handel und Gewerbe umfasst zahlreiche durch Fleiss und Wagemut entstandene Firmen, sowie einige gemütliche Gaststätten. Eine moderne Kreisschulanlage, für die Integrierte Oberstufe der Kinder aus den Gemeinden Göschenen, Wassen und Gurtnellen, wurde in den Jahren 1970-1973 erbaut.

Für den Feierabend und das gesellige Leben der Bevölkerung wird ebenfalls gesorgt. Viele Vereine und Clubs sorgen für eine sinnvolle Abwechslung und für den nötigen Zusammenhalt in der Gemeinde. So hat Gurtnellen zum Beispiel die einzige Armbrustschützengesellschaft im Kanton Uri.

Trotz den Entwicklungen in diesem Jahrhundert konnte die Ortschaft ihren Dorfcharakter beibehalten.

Am 24. / 25. August 1987 wurde der Kanton Uri von einer schweren Unwetterkatastrophe heimgesucht. Dabei wurde die Gemeinde Gurtnellen sehr in Mitleidenschaft gezogen. Dank grosser Unterstützung von allen Seiten war es jedoch möglich, die entstandenen Schäden zu beheben und das Dorf wieder lebenswert zu machen.